前往三座岛屿（一之岛、二之岛、三之岛）的核心方式是乘坐圣安奴号游轮。玩家需先抵达枯叶市的码头，与码头水手对话后登船。圣安奴号会依次停靠三座岛屿，但需注意剧情进度限制：若未完成主线任务或未捕获60种宝可梦，部分岛屿可能暂时无法访问。登岛后需依次解决岛屿上的任务，例如一之岛的光辉之路探索或二之岛的救援任务，才能解锁后续区域。
一之岛的探索重点在于光辉之路，这条路径通往火焰鸟的栖息地。登岛后需沿码头向东行进，穿过沿海道路即可抵达。二之岛的任务涉及帮助NPC寻找失踪的女儿，需在森林深处击败特定宝可梦以触发剧情。三之岛则包含迷宫式洞穴，需利用推石和滑冰机制解开地形谜题。每座岛屿的宝可梦分布不同，例如一之岛以火系为主，三之岛则多出现冰系宝可梦。
完成三岛主线后，若想再次前往，需满足图鉴收集条件：捕获60种宝可梦后向大木博士汇报，可升级图鉴并重新获得船票。部分隐藏区域如肚脐岩需特殊船票，可通过后期剧情或任务获取。岛屿上的关键道具如红宝石、蓝宝石需在洞穴迷宫中解谜取得，这些道具会影响后续通讯功能的开启。
战斗准备方面，建议队伍中包含冲浪、怪力、碎岩等秘传技能。三之岛的冰系道馆训练家会使用高等级宝可梦，需提前调整阵容属性克制。岛屿剧情结束后，返回关都地区需通过七之岛的港口中转，会解锁全国图鉴功能。注意保存游戏进度，避免因谜题失败或战斗失利导致重复探索。