隐藏点作为副本探索的核心玩法之一，分布在主线章节的特定位置。目前已确认的隐藏点包括第二章左上角石碑处、第五章左下角树林与右上角洞口双重隐藏点、第十章雕像后山峦阴影处及洞口巨狼挑战点等。这些隐藏点通常需要手动点击场景中的特殊区域触发，部分隐藏点内设有升级版宝箱守卫或游历簿异兽收集要素，击败后可获得丰厚资源奖励。由于守卫战力较高，建议玩家在战力提升或卡关时再返回挑战。
隐藏点的触发方式主要有三种：盲目点击地图探索、查阅副本留言板热门排序中的玩家提示，或直接参考其他玩家整理的坐标攻略。部分隐藏点如第二十四章需要先收集散落的纸页线索才能激活，这类设计增加了探索的层次感。隐藏地图内通常以红色字体标注关键交互点，在绿色场景中较为醒目，但部分隐藏区域如第十三章水中阁楼或第十四章船坞船只仍需仔细观察环境细节才能发现。
游戏中的隐藏机制不仅限于地图探索，还包括特殊技能获取途径。例如青囊秘要这类恢复型技能，需通过拆解特定武将如汉刘备步、蜀糜夫人弓等才能研究获得，研究成功后可供两名武将配置使用。类似技能往往具备改变战斗节奏的效果，如每回合恢复150%兵力的特性，这类隐藏要素需要通过武将培养界面深度挖掘才能完整掌握其价值。
隐藏的羁绊系统允许玩家突破阵营界限自由组合武将，上阵武将的进阶、升级资源可一键继承，这种机制实质上鼓励玩家尝试不同流派搭配。例如谋士职业虽自带15%伤害加成和15%伤害免减的固有天赋，但通过与特定护卫或先锋武将的组合，能产生超出职业基础的效果。这种非直观的隐藏协同作用，需要玩家通过实战反复验证才能充分理解。
游戏还设计了隐藏成就系统，如神秘人成就需在多个章节收集线索并完成对应战役挑战。这类隐藏内容不提供明确指引，其触发条件往往与环境互动、剧情选择或特定武将的使用相关。探索过程中玩家与NPC的对话选择也可能影响隐藏剧情的走向，这种设计增强了游戏世界的沉浸感与重复可玩性。