战舰堆积是资源管理和战略规划的核心问题。处理堆积的关键在于平衡舰船数量与资源消耗，优先保留高战力或特殊功能的舰船，其余可通过拆除回收资源。拆除操作需进入指挥部界面的舰船选项，选择目标舰船后点击详情页的拆除按钮，系统将返还部分模组、设计图及基础资源。稀有度越高的舰船拆除后返还资源越丰富，但需注意拆解名将舰船会连带失去舰长，需谨慎权衡。
合理规划舰队编组是避免无效堆积的重要方式。根据舰船定位（输出、防御、修复、防空、载机）进行科学搭配，避免重复建造同类型低效舰船。工程舰与战斗舰应分开计算人口分配，前期优先保证工程舰数量以加速资源采集。对于已淘汰的低级舰船，可通过增援同盟或参与NPC任务消耗，既减少库存又能获取任务奖励。技术点分配应集中在主力舰船，避免分散强化导致多艘半成品舰船堆积。
资源点占领策略直接影响舰船使用效率。采矿平台需搭配仓库舰提升单次采集量，减少工程舰往返时间。中后期建议将小型工程舰替换为中型，并选择高密度资源区建立前哨站集中管理。战斗舰船在攻城或防守任务中应避免无意义损耗，通过同盟协同实现舰队高效轮换。星系态势任务中可派遣冗余舰船参与，既能清理库存又能推进章节进度。
舰船强化系统的深度利用能提升单舰价值，减少为弥补战力而盲目扩编的情况。通过蓝图研究定向获取技术值，优先强化武器系统伤害、装甲抵抗值及动力速度。特殊载机舰应重点提升机库容量和维修效率。未央理财计划投入的紫币可兑换技术储备，用于关键舰船的突破性强化。当舰队形成完整攻防体系后，可停止非必要建造，将资源倾斜至主力舰船的金标升级。
定期检查舰船使用率，对闲置超过两个赛季的舰船实施拆解或改造。参与空间站战利品玩法时，优先选择能消耗特定舰船的任务目标。重组银河资料片新增的军事声望系统，为处理老旧舰船提供额外途径。最终目标是通过精确管控，使舰队规模始终与当前战略阶段相匹配，避免资源固化在无效舰船堆积上。