获取化石蛋是推进剧情的关键步骤之一。化石蛋位于码头甲板上一个西装男子的箱子内，但需要先完成蓝色羽毛的收集任务才能触发交互。具体流程是从神庙二楼获得蓝鸟的蓝色羽毛后，将其交给甲板上的西装男子，他会打开身边的盒子并交出化石蛋。这一道具后续需在工厂用碾压机加工为种子，用于时空穿梭相关的解谜环节。
获得蓝色羽毛的前提是完成神庙区域的多个步骤。首先需要在神庙二楼将鲁特琴交给小女孩，并按照八音盒旋律DGEGDA用火柴点亮火把，随后点击出现的蓝鸟即可获得羽毛。神庙区域的解谜涉及多个道具的联动使用，包括从陶罐中取得的石饼、用矛头激活的雕塑机关等，这些操作都会间接影响后续化石蛋的获取流程。
工厂区域的碾压机是处理化石蛋的必要设备。将化石蛋放置在操作台上并启动开关后，可将其压碎转化为种子道具。该种子需带回过去时间线交给海边的男孩种植，待返回现在时间线时，种子已长成大树并成为进入飞船的关键路径。这一系列操作体现了游戏时空穿梭机制的核心设计逻辑，化石蛋的获取与转化正是时空叙事的重要节点。
漂流瓶线索与化石获取存在间接关联。在灯塔二楼将空瓶交给小男孩后，他会抛出内含图案信息的漂流瓶，该信息最终用于破解飞船休眠仓密码。虽然漂流瓶事件不直接影响化石蛋获取，但两者同属码头区域的关键收集要素，建议在甲板交互时同步完成。游戏通过这类网状任务设计，将看似独立的道具收集转化为环环相扣的解谜链条。
作为连接现代与过去时间线的物质载体，它既是植物生长的起源，也是激活火箭发射条件的要素之一。这种设计使迷失岛2的科幻主题与神秘主义基调得到统一，玩家在解谜过程中能自然感知到游戏试图传达的时间循环理念。道具功能的复合性正是本作区别于线性解谜游戏的重要特征。