初始阶段的选择对游戏进程至关重要。游戏开始时玩家需要从妙蛙种子、小火龙和杰尼龟中选择一只作为初始宝可梦，这三只宝可梦各有特点：妙蛙种子作为草/毒双属性在前期道馆战中表现优异；小火龙虽然初期较弱但进化后实力强劲；杰尼龟则是水系宝可梦，能有效克制早期遇到的岩石系敌人。选择后应立即前往常磐市商店取得大木博士的包裹并返回研究所，换取宝可梦图鉴和精灵球，这是正式开启冒险的关键步骤。在常磐森林可以捕捉皮卡丘和绿毛虫，前者学习闪光技能有助于探索洞穴，后者进化后的巴大蝴能学会催眠粉和麻痹粉，是捕捉稀有宝可梦的重要帮手。
道馆挑战需要合理的属性克制和等级准备。首个岩石系道馆建议将主力宝可梦提升至12级以上，使用水系或草系技能能轻松应对小刚的大岩蛇。华蓝市的水系道馆则需要电系或草系宝可梦，若初始选择小火龙则需将其进化为喷火龙后再挑战。枯叶市的电系道馆机关较为复杂，需连续调查两个垃圾桶才能开启馆主房间，建议提前记录正确机关位置。每个道馆战前都应充分恢复宝可梦状态，并携带适量伤药和状态恢复道具。月见山是早期重要地点，可获得化石并选择复活镰刀盔或菊石兽，这两只化石宝可梦在中期战斗中都能发挥重要作用。
获得船票后可在圣安奴号上与众多训练师对战获取经验，船上事件结束后能得到秘传机01一字斩，这是推进主线的重要技能。紫苑镇的宝可梦塔需要幽灵系宝可梦或特定道具才能完全探索，顶层遭遇的幽灵实为可捕捉的鬼斯。彩虹市百货公司能购买各类实用道具，楼顶可获得稀有宝可梦伊布。游戏中期应尽早获取冲浪和怪力等秘传机技能，这些既是推进剧情的必要条件，也能在战斗中发挥作用。七岛剧情是通关后的重要内容，包含多个传说宝可梦的捕捉机会。